"Chuyện tình rừng ngập mặn" đề cập đến một vấn đề nóng hiện nay chính là việc bảo tồn, phát triển rừng ngập mặn, ý thức bảo vệ thiên nhiên, môi trường trong bối cảnh sông nước Nam Bộ. Phim kể về hai thế hệ: thế hệ cha chú như ông Năm Biền, Ba Đờn, Tư Khiêm, từng tham gia kháng chiến chống Mỹ cứu nước. Thế hệ thứ hai là lứa con cháu họ: Khánh Lâm, Khánh An, Đại Hoàng, đây là thế hệ lớn lên trong hòa bình… Tất cả họ đều trưởng thành và sinh sống ngay trên rừng ngập mặn.