Việc áp dụng hóa đơn điện tử là chủ trương của Chính phủ, Bộ Tài chính và Tổng cục thuế nhằm giúp doanh nghiệp thuận tiện cho việc hạch toán kế toán, đối chiếu dữ liệu, quản trị kinh doanh của doanh nghiệp, tiện cho việc kê khai, nộp thuế; tăng tính an toàn cho hóa đơn khi hóa đơn điện tử có thể sao chép thành nhiều bản, tránh được các rủi ro, thất lạc, hư hỏng hóa đơn, nếu mất có thể yêu cầu cấp lại hóa đơn. Ngoài ra, một ưu điểm không thể nhắc đến của hóa đơn điện tử nữa đó là rút ngắn thời gian thanh toán do việc lập, gửi, nhận hóa đơn được thực hiện qua các phương tiện điện tử; hạn chế các rủi ro mất mát, rách, hỏng, cháy trong quá trình vận chuyển lưu trữ. Doanh nghiệp chủ động trong khởi tạo và phát hành hóa đơn; đồng thời đơn giản hóa việc phát hành, quản lý hóa đơn, kê khai thuế, dễ dàng thông tin hóa đơn, kiểm soát phát hành hóa đơn, qua đó tiết kiệm chi phí in, phát hành, gửi, lưu trữ và bảo quản hóa đơn.